インボイス経過措置は2026年10月にどう変わるか｜8割控除が7・5・3割控除になる改正を一次資料で確認する

免税事業者への外注が多い会社ほど、2026年10月は他人事ではない。ところが検索して出てくる解説の多くは「2026年10月から控除は50%になる」と書いている。これは令和8年度税制改正より前の内容だ。

実際には経過措置の適用期限が2年延長され、割合は70%・50%・30%の3段階に見直された。そのかわり、1つの免税事業者からの年間仕入れに対する上限が10億円から1億円へ下がっている。この記事は国税庁の資料だけで、いま何が決まっているかを並べる。

期またぎの処理と切替の段取りはインボイス経過措置の切替準備、電子取引データの保存は電子帳簿保存法 中小企業の対応、負担増を価格へ乗せる場合の進め方は値上げ対象の抽出と承認が扱う。

控除できる割合は70％・50％・30％の3段階になった

国税庁は令和8年度税制改正の内容を「２つのポイント」として公表しており、その2つ目が経過措置の改正だ。適用期限を2年間延長した上で、控除可能割合が見直されている（国税庁「インボイス制度に関する令和８年度税制改正について」令和8年4月・令和8年5月改訂、2026年8月26日に原文を確認）。

改正前は、令和8年10月から50%へ下がり、令和11年10月に経過措置そのものが終わる予定だった。改正後は下げ幅が緩やかになり、終わりが令和13年10月へ2年ずれた。負担の山が低くなって長くなった、という形になる。

そのかわり、控除限度額が10億円から1億円になった

緩和だけではない。同じ改正で控除限度額が見直されている。国税庁の資料は次のように書いている。

一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの額の合計額がその年又はその事業年度で１億円（改正前：10億円）を超える場合には、その超えた部分の課税仕入れについて、本経過措置の適用を認めないこととされました。

この見直しは令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用される。読むときに外せないのが「一の」という言葉だ。会社全体の合計ではなく、免税事業者等1者ごとの年間合計で1億円を判定する。特定の外注先に大きく依存している会社ほど効いてくる。

1億円に届かない会社にとっても、この条文は無関係ではない。届かないことを示すには、取引先ごとに年間いくら払っているかを、適格請求書発行事業者かどうかで分けて出せる状態が要るからだ。多くの場合、詰まるのは税額の計算ではなくこの集計にある。取引先の区分を誰が持つかは取引先マスタの責任者設計で扱う。

2割特例は終わり、3割特例は個人事業者だけ

改正のもう1つのポイントが小規模事業者側の特例だ。国税庁の資料によると、現行の2割特例は令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了する。後継の3割特例は、個人事業者である適格請求書発行事業者の令和9年分及び令和10年分が対象で、課税標準額に対する消費税額に7割を乗じた額を控除することで、納付税額を3割にできる仕組みになっている。

ここで見落とされやすいのが対象範囲だ。法人は3割特例の対象外とされている。また3割特例の適用を受けようとする場合は、確定申告書にその旨を付記する必要がある。基準期間の課税売上高が1千万円を超える課税期間など、適用できない課税期間も定められている（国税庁 インボイスQ&A 問115-2、令和8年4月追加、2026年8月26日に確認）。

取引先が免税事業者のままでいるか登録するかは、相手側のこの計算で変わる。自社の負担だけでなく、相手が何を見て決めているかを知っておくと、条件の話がしやすくなる。

自社の影響額を出す5手順

3の考え方だけ補足する。控除できる割合が80%から70%へ下がるということは、控除できない部分が消費税相当額の20%から30%へ増えるということだ。支払額が同じなら、この差分がそのまま自社の負担増になる。取引先ごとに出せば、条件を見直す相手の優先順位も同時に決まる。

来週できる一歩：免税事業者への支払上位10件を出す

1. 直近12か月の支払データを取引先ごとに集計する。
2. 請求書に登録番号があるかで、適格請求書発行事業者かどうかを分ける。
3. 分けられなかった取引先を別枠で残す。ここが今回の実務の本丸になる。
4. 免税事業者等への支払が大きい順に10件並べる。
5. その10件について、控除できない部分が増える額を出す。

この5つを通すと、税制の話が「うちはいくら増えるのか」という一つの数字になる。数字が出れば、価格交渉、発注先の見直し、何もしないという選択のどれを取るかを決められる。月次の締めに組み込む場合は月次決算の早期化と同じカレンダーに載せる。

税額の計算より先に詰まるところ

割合も限度額も決まっているので、自社の税額や申告の判断は顧問税理士に確認するのが正確で早い。ここで扱っているのはその手前の話だ。

実際に手が止まるのは、どの取引先が適格請求書発行事業者なのかが自社のマスタに入っていないところだった。請求書を見れば分かるのに、その情報がマスタへ戻っていないので取引先ごとの年間集計が出せない。区分を誰が維持するかも決まっていない。仕入先の区分、マスタ、会計側の設定、判断がつかない取引の承認。この4つがつながっていないと、影響額を出すこと自体が調べ直しから始まる。

件数は流れているのに、判断基準や責任者やデータの受け渡しが後回しになっている会社ほど、10月の切替でここに時間を取られる。最後の確認が社長に集まっていればなおさらだ。心当たりがあれば、どの業務から整えるかを3分・8問の事業基盤診断で確認できる。税額そのものの判断は税理士へ。

経理と取引データの整理は業務改善カテゴリで確認できる。

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