電子カルテとレセコンの違い｜役割は「診療記録」と「請求」、一体型と連携型の選び方と費用の見方

クリニックのシステムの話をしていると、「レセコンと電子カルテって、結局どう違うんですか」という質問が必ず出ます。どちらもパソコンの画面で、どちらも患者さんの情報を扱い、どちらも受付や診察室に置いてある。使っている側からは境目が見えにくい、というのが正直なところだと思います。

この違いは、感覚ではなく公式に定義されています。厚生労働省は2026年3月31日に「電子カルテ及びレセプトコンピュータ標準仕様（基本要件）」を公表し、中小病院向けと医科診療所向けの標準仕様書1.0版を出しました。この中に、両者の定義がそれぞれ言葉で書かれています。まずそこから確認します。

厚生労働省による、それぞれの定義

標準仕様書の用語の項に、次のように書かれています。

並べると、違いは一言で言えます。レセコンはお金を扱い、電子カルテは診療の記録を扱う。レセコンの定義には「算定」「患者負担金」「レセプト」「請求」が並び、電子カルテの定義には「診療記録」「診療録」「保存」が並びます。重なっている単語がひとつもありません。

「レセプト」と「カルテ」が混同されやすいのは、元になる情報が同じだからです。診察して、処置をして、薬を出す。この一連の行為が、片方では診療の記録として残り、もう片方では点数として集計されて請求書になります。入口が同じで出口が違う、という関係です。

役割の対比

「止まると起きること」の行が、実務上いちばんわかりやすい判別法だと思います。会計が止まるならレセコン側、記録が止まるなら電子カルテ側の話です。院内で「システムが落ちた」という言葉が飛び交ったときも、この2つのどちらなのかを最初に切り分けると話が早くなります。

レセコンの出口には、請求の仕組みがつながっている

レセコンが作ったレセプトは、審査支払機関に提出されます。ここで使われるのがレセプト電算処理システムです。社会保険診療報酬支払基金の説明では、これは「保険医療機関等が、電子レセプトをオンラインにより審査支払機関に提出し、審査支払機関において、受付、審査及び請求支払業務を行い、保険者が受け取る仕組み」とされています。

電子レセプトは、厚生労働省が定めた規格・方式に基づき、レセプト電算処理マスターコードを使ってCSV形式のテキストで記録されたものです。そして請求方法については、令和5年11月30日付の請求命令の一部改正により、令和6年（2024年）4月1日以降はオンライン請求が基本的な請求方法となっています。

一体型か、別システムか

役割が違うことと、製品が分かれていることは別の話です。実際には、電子カルテとレセコンが1つの製品にまとまっている形もあれば、別々の製品を連携させている形もあります。

厚生労働省の標準仕様書も、この両方を前提に書かれています。同書には、電子カルテとレセプトコンピュータが別個のシステムである場合には当該電子カルテ部分の、一体となったシステムである場合には当該システムのうち電子カルテ部分の標準的な仕様を規定する、という趣旨の記載があります。国の側も「どちらか一方の形が正しい」という書き方はしていません。

どちらが優れているという話ではなく、判断の分かれ目は「今どちらをいつ替えたいか」です。レセコンだけ先に更新したい事情があるなら別システムのほうが動きやすく、運用の窓口を一本化したいなら一体型のほうが楽になります。

なお、別システムで運用していて起きがちなのが、同じ情報を両方に打ち込む二重入力です。これは役割の違いではなく連携の作り方の問題なので、別記事の電子カルテとレセコンの連携で二重入力をなくす方法で扱っています。

導入費用とランニングコストを、見積で分けて聞く

電子カルテとレセコンの費用は、月額の数字だけを並べても比べられません。同じ「導入費用」という言葉が、製品によって含む範囲が違うからです。見積を受け取るときは、次の費目に分けて出してもらうと、一体型と別システムの差がそのまま見えます。

特に見落とされやすいのが診療報酬改定への対応費用です。保守料に含まれているのか、改定のたびに別途かかるのかで、数年単位の総額が変わります。クラウド型か院内サーバ型かでも、ハードの更新費が出るかどうかが変わります。

国や自治体の支援制度を使う場合は、年度ごとに条件と期限が変わるため、公式の公募要領で対象経費を確認します。見積の費目と、制度が対象にする経費は一致しないことがあります。

2026年時点で、両者に共通して求められていること

ここ数年で変わったのは、レセコンも電子カルテも「国の医療DXの仕組みに接続する部品」として位置づけられたことです。標準仕様書では、レセコンの必須要件として次のような接続機能が挙げられています。

電子カルテ側の基本要件としても、電子カルテ情報共有サービスおよび電子処方箋への対応、ガバメントクラウド対応が可能なマルチテナント方式（SaaS型）のクラウド型サービス、関係システムへの標準APIの搭載、データ引き継ぎが可能な互換性の確保が示されています。

4つ目の「データ引き継ぎが可能な互換性の確保」は、導入検討の場ではあまり話題になりませんが、実務では効きます。今の製品を選ぶ判断より、次に替えるときに困らないかどうかのほうが、長い目で見ると影響が大きいからです。

普及率の実際

「電子カルテはもう当たり前」と語られがちですが、公表されている数字はもう少し慎重です。厚生労働省の医療施設調査に基づく「電子カルテシステム等の普及状況の推移」では、令和5年時点の電子カルテシステムの普及状況は次のとおりです。

一般診療所では、令和5年時点でおよそ半分強です。一方で、2025年12月に公布された医療法等の改正法により、政府は2030年12月末までに電子カルテの普及率が約100パーセントとなることを達成するよう、クラウド関連技術その他の先端的な技術の活用を含め、医療機関の業務における情報の電子化を実現しなければならない旨が定められました。数字と目標の間には、まだ距離があります。

言い換えると、レセコンだけで運用しているクリニックは今も珍しくありません。「うちはレセコンしかないから遅れている」という話ではなく、そこからどう順序立てて進めるかという話です。

診療所と中小病院では、読むべき仕様書が違う

厚生労働省が2026年3月31日に公表した標準仕様書は、「中小病院向け」と「医科診療所向け」の2つに分かれています。 どちらも1.0版で、公表日は同じです。定義や基本的な考え方は共通していますが、 対象とする医療機関の規模が違うため、自院に当てはまるほうを読む必要があります。

この記事でここまで挙げてきた例は、医科診療所向けの仕様書と、 無床・少人数のクリニックを前提にしています。 病棟を持つ規模で検討している場合は、部門システムとの連携や入院に関する扱いが加わるため、 中小病院向けの仕様書を起点にしてください。 2つの仕様書は厚生労働省の同じページから、どちらも入手できます。

なお、2つの仕様書で具体的に何がどこまで違うかは、 上記の一覧ページには書かれていません。 ベンダーから「標準仕様に対応している」と説明を受けたときは、どちらの仕様書を指しているのかを確認してください。

開業するときと、入れ替えるときで決める順番が変わる

同じ「電子カルテとレセコンをどうするか」でも、これから開業する場合と、動いているものを替える場合では、先に決めることが違います。

開業するとき

請求は開院した月から発生します。前述のとおりレセコンは請求を続ける限り何らかの形で必要になるため、順番としてはレセコン側が先に決まります。そのうえで、電子カルテを同時に入れるか、紙で始めて後から足すかを決めます。判断材料は、診療科ごとの記録の量と、医師が入力に使える時間です。

一体型を選ぶと窓口が1つになり、開業準備の手間は減ります。ただし、後から電子カルテだけを替えたくなったときの自由度は下がります。開業時の楽さと、数年後の入れ替えやすさのどちらを取るかという選択です。

入れ替えるとき

動いている診療を止められないので、並行稼働の期間と、切り替える日を先に決めます。月初はレセプト請求が重なるため、その時期は避けます。過去データをどの形式でどこまで持ち出せるかは、契約する前に確認します。

別システムで運用している場合は、電子カルテとレセコンを同時に替える必要はありません。困っている側から先に替え、もう片方は次の更新時期に合わせる、という進め方が取れます。これは一体型にはない利点です。

導入や入れ替えの前に整理しておくこと

製品比較の前に決めておくと、後戻りが減る項目があります。価格や機能一覧の比較は、これらが決まったあとのほうが早く終わります。

まとめ

レセコンは診療報酬を算定してレセプトを作るシステム、電子カルテは診療録を電子化して保存するシステムです。厚生労働省の標準仕様書に定義が書かれており、扱う情報が違います。入口の情報は同じでも、出口が「請求」と「記録」に分かれます。

一体型か別システムかは製品の形の話で、どちらの機能も必要である点は変わりません。そして2026年時点では、両方に対して国の医療DXの仕組みへの接続が求められる方向に進んでいます。製品を比べる前に、困っているのが記録側か請求側か、同じ情報を何回打ち込んでいるか、今のデータをどう持ち出せるか。この3つを先に書き出しておくと、検討が早く終わります。

※ 制度・仕様・スケジュールは変更されることがあります。実際の導入判断にあたっては、上記の一次情報および各ベンダーの最新の案内をご確認ください。本記事は特定の製品を推奨するものではありません。